Es el órgano directivo delegado de la Comisión Plenaria, encargado de decidir asuntos ordinarios que no sean función de la Comisión Plenaria.

Sus componentes son elegidos por la Comisión Plenaria buscando que exista representación de las principales denominaciones y corrientes teológicas del Protestantismo Español. La misma Comisión Plenaria elige quién ostenta los cargos de Presidente, Vicepresidente, Secretaría Ejecutiva, Tesorero y Vocales, quienes permanecen en el cargo durante un periodo de dos años pudiendo ser reelegidos con dos salvedades:

• El Presidente es elegido por un periodo de dos años y puede ser reelegido una sola vez de modo consecutivo.
• La Secretaría Ejecutiva debe recaer en un miembro de una Iglesia federada, pero no puede ostentar representación de ninguna entidad adherida a FEREDE. Su cargo se somete a ratificación cada cinco años.