Entre las finalidades de la Federación en relación con el Diálogo institucional y la Libertad Religiosa, se encuentran:

Interlocución unificada de la comunidad protestante ante las Administraciones del Estado, con el doble propósito de mejorar el espacio de libertad religiosa en el que se desenvuelven nuestras iglesias y desarrollar las relaciones de cooperación constructiva con las autoridades y la sociedad.

Impulso para la aprobación de normas que protejan y desarrollen el derecho de libertad religiosa reconocido en el ordenamiento jurídico español, debido a que el escaso desarrollo normativo de dicho derecho en relación a la confesión religiosa evangélica dificulta este ejercicio.

Visibilización de la iglesia evangélica a través de la participación activa en foros nacionales e internacionales. En esta tarea participan la Secretaría Ejecutiva, la Comisión Permanente y otros cargos y expertos en los Servicios que presta la Federación.