La Comisión de Coordinación está formada por los integrantes de la Comisión Permanente, los Consejeros de FEREDE, los Presidentes o Directores de los órganos autónomos de FEREDE, así como la Presidencia y Secretaria Ejecutiva/General de los Consejo Evangélicos Autonómicos.

Suele reunirse una vez al año, generalmente en el mes de noviembre, con el fin, entre otros, de armonizar las distintas responsabilidades de los diferentes órganos de FEREDE y promover una negociación armónica y el desarrollo coordinado de lo previsto en los Acuerdos de Cooperación suscritos con el Estado y con otras Administraciones públicas.